Museets innhold var basert på samlingene i tre tidligere Bergensmuseer: Bergen Billedgalleri (opprinnelig del av Bergen Museum), Rasmus Meyers Samlinger og Stenersens Samling. I 2006 ble Bergen Kunstmuseum konsolidert med Permanenten Vestlandske Kunstindustrimuseum, Edvard Grieg Museum Troldhaugen, Harald Sæverud Museum Siljustøl og Ole Bull Museum Lysøen, i en ny stiftelse som fikk navnet Kunstmuseene i Bergen, senere KODE Kunstmuseer og Komponisthjem.